다낭신 동물모델을 이용한 낭포 형성 질환 관련 microRNAs 대량 발굴 및 질병 타겟 제시

데이터 샘플 번호: [1711031849]

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프로젝트 고유번호 1711031849

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과제 제목 다낭신 동물모델을 이용한 낭포 형성 질환 관련 microRNAs 대량 발굴 및 질병 타겟 제시
과제 설명 다낭신 동물모델의 질병 진행에 따른 smallRNA-seq과 RNA-seq 각각의 정보와 통합분석 정보
과제 책임자 박종훈 등록자 김도연
종명 Pkd1 cKO 데이터 형식 정보없음
등록기관 숙명여자대학교 공개일 2019-09-28

과제 설명

과제 상세 정보
연구목표 현재까지 뚜렷한 치료법이 없는 유전병인 상염색체 우성 다낭신 (ADPKD) 질환의 낭포 형성 과정에 관여하는 새로운 microRNAs (miRNAs)를 대량 발굴하고 miRNAs가 타겟으로 하는 유전자들을 검증하고자 함. 이를 위해 다낭신의 표현형을 가지는 마우스 모델에서 차세대 시퀀싱 (NGS) 기법 및 생물정보학적 분서을 통하여 시스템 차원의 miRNA 조절 기작을 제시하고자 함.
(1) miRNA-seq을 통하여 질환에 관여하는 miRNAs 대량 발굴
(2) 마우스 모델의 질환 진행 시기별 낭포 형성에 관여하는 miRNAs의 분류 및 타겟 유전자 검증
연구내용 1단계 연구에서는 두 가지 대표적인 ADPKD 마우스 모델 (ADPKD의 주요 원인 유전자인 Pkd1 및 Pkd2를 신장의 collecting duct에서만 조건적으로 knockout 시킨 마우스 모델)을 이용하여 낭포형성의 중증도를 시기별로 분류함으로써, 이에 관여하는 miRNAs를 프로파일링 하고자 함. 이를 위해 Pkd1 및 Pkd2 조건 마우스의 시기별 낭포형성 정도 및 신기능 등의 표현형을 스크리닝하고, 이러한 낭포형성 표현형과 관련하여 miRNA-seq 및 RNA-seq을 수행하였음. 두 NGS 데이터는 통합분석을 통하여 낭포형성 관련 핵심 miRNAs와 후보 타겟 mRNAs 리스트를 확보하였으며, GO 및 pathway in silico 분석을 통해 다낭신 질환 진행에 관여함을 확인하였음. 또한, human miRNA microarray 데이터를 활용하여 다낭신 마우스 miRNA profile과 비교분석을 하였고, 선별된 miRNAs에 대해 발현 검증을 수행하였음.
2단계 연구에서는 1단계 연구에서 통합분석 결과로부터 얻은 낭포형성 관련 핵심 miRNA-RNA pairs 리스트를 활용하여 in vitro 및 in vivo 실험을 통하여 실제 세포내 관련 기능 검증을 수행 중에 있음. 또한, 4차 년도부터는 차등 발현을 보인 miRNAs의 발현 조절기작을 DNA 메틸화나 히스톤 변형 등의 후성유전학적 인자와 관련하여 규명하고자 함. 궁극적으로, 생산된 NGS 데이터는 DB화함으로써 관련분야 연구에 기초자료로 활용 가능하게 할 예정임.
연구효과 다낭신 동물 모델을 이용하여 낭포 형성의 초기부터 말기단계까지 낭포의 형성을 조절하는 miRNAs를 스크리닝함으로써, 낭포 형성의 신규 miRNA 조절인자를 다수 발굴할 수 있을 것으로 기대됨.
- miRNA-seq 기법을 통해 낭포 형성 시기별로 질환 진행에 관여하는 miRNAs의 대량 발굴은 낭포 형성 과정의 표지인자로 활용하여 질환의 조기진단의 가능성을 제공함.
- miRNA는 target mRNA에 대해 특이적인 특징을 가지므로 이를 낭포 형성 질환 억제 치료에 이용한다면 부작용을 감소시키고 치료 효과를 높이는데 기여할 것임.
한글 키워드 microRNA-seq,낭포 형성,동물 모델,마이크로 RNA,상염색체 우성 다낭신,신기능,차세대시퀀싱,표현형
영문 키워드 microRNAseq,cystformation,mousemodel,mocroRNA,ADPKD,kidneyfunction,NGS,phenotype,geneexpression

데이터 세트

데이터 정보
샘플 고유 번호 샘플 데이터 제목 상세 설명 데이터 수
정보없음 정보없음 정보없음 108

실험 정보

실험 정보
Sequencer 정보없음 Adaptor Sequence 정보없음
Raw Data Types 정보없음 Insert Size 정보없음
Read Length 정보없음 Read Type 정보없음

샘플 파일

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