유전체 정보 연계 시스템 Genome InfraNet

분석 프로그램 검색

Study : 1711044752

연구과제 정보

accession,
2014M3C9A3063541
1711044752
멀티 오믹스 분석 알고리즘 및 플랫폼 개발
미래부
서울대학교
김선
2016
2016-11-01 ~ 2017-08-31
김선
sunkim.bioinfo@snu.ac.kr
028807280

등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보

accession,

1. 웹 서비스   2. 전사체 분석

한글명칭 파인트넷
영문명칭 PINTnet
프로그램
매뉴얼 PINTnet 파이프라인 매뉴얼.xlsx
모식도 프로그램 전체 모식도 없음
웹 서비스 주소 http://biohealth.snu.ac.kr/software/PINTnet/
주요 내용 특징 본 프로그램은 패스웨이 상호작용 네트워크를 구축해주는 프로그램이다. 질병 등의 특정 조건에 있는 실험군이 대조군에 비해 얼마나 패스웨이의 상호작용이 활성화되었는지에 따라 패스웨이 상호작용 네트워크를 구축해준다.
주요 기능 - 패스웨이 상호작용 네트워크 구축 - 네트워크에 속한 패스웨이 검색 - 각 패스웨이의 세부 정보 제공 - 패스웨이 이름 - 패스웨이 ID - 패스웨이에 속한 유전자 개수 - 인접한 패스웨이 정보 - 서브네트워크 구성
사용방법 사용자는 유전자 발현량 데이터를 정해진 형식에 따라 업로드하고 e-mail 주소를 입력한다. 입력된 e-mail 주소로 작업 고유 번호가 전송되며 사용자는 이 작업 고유번호로 본인이 수행한 작업의 결과에 접근할 수 있다. 실행이 완료되면 미리 정해진 기본 cutoff 이상의 상호작용 점수를 갖는 엣지로 만 구성된 패스웨이 상호작용 네트워크가 결과 화면에 나타난다. 사용자는 cutoff를 조절하여 네트워크의 엣지 수를 조절할 수 있다. 탐색 모드에서는 노드를 클릭하거나 검색창에 패스웨이의 정보를 입력함으로 네트워크에 속한 패스웨이를 검색할 수 있다. 이 때, 선택된 패스웨이의 상세 정보(이름, ID, 유전자 개수 등)를 확인할 수 있다. 서브네트워크 모드에서는 관심 있는 패스웨이만 선택하여 서브네트워크를 구성하여 연결도를 볼 수 있다.
LINUX
PERL