유전체 정보 연계 시스템 Genome InfraNet

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Study : 1711044752

연구과제 정보

accession,
2014M3C9A3063541
1711044752
멀티 오믹스 분석 알고리즘 및 플랫폼 개발
미래부
서울대학교
김선
2016
2016-11-01 ~ 2017-08-31
김선
sunkim.bioinfo@snu.ac.kr
028807280

등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보

accession,

1. 웹 서비스   2. 대용량 유전체 분석

한글명칭 바이오브이랩 엠씨피지 에스엔피 익스프레스
영문명칭 BioVLAB-mCpG-SNP-EXPRESS
프로그램
매뉴얼 pipeline_manual_BioVLAB_mcpg_expressl.xlsx
모식도 프로그램 전체 모식도 없음
웹 서비스 주소 http://biohealth.snu.ac.kr/software/biovlab_mcpg_snp_express/
주요 내용 특징 유전자 정보 발현을 조절 하는 후성유전 정보인 메틸레이션과 뮤테이션 정보를 시퀀싱 기반의 데이터를 통하여 분석한다. 메틸레이션과 유전자의 발현의 상관관계와 뮤테이션과 의 상관관계를 유전자 발현이 표현형질에 따라 다르게 나타나는 DEG관점에서 해석한다. 또한 다양한 통계학적 분석과 사용하기 편리한 사용자 환경을 통하여 시퀀싱 데이터를 통합 분석한다.
주요 기능 후성유전체 데이터와 유전체 데이터 그리고 변이 정보의 통합 분석을 제공한다. 데이터로부터 DEG (differentially expressed gene), DMR (differentially methylated region) 그리고 뮤테이션을 추출하여 이들과의 상관관계 분석 제공한다. 추출된 DEG로부터 gene set 분석과 프로모터 메틸레이션 정보와의 상관관계를 측정하며 이들간의 네트워크 정보를 토대로 네트워크 분석을 지원한다.
사용방법 사용자가 보유한 시퀀싱 raw데이터를 url 기반 혹은 직접 입력을 통하여 시스템에 업로드 하며, 업로드 된 데이터를 바탕으로 클래스 (표현형질) 등의 데이터 정보를 입력한다. 데이터 등록을 마친후 실험디자인을 통하여 특정 표현형질간의 비교 분석을 설정한후 분석을 실행하게 되면 각 단계별 진행 상태를 보여주며, 진행이 완료되면 분석결과를 제공 받는다.
Mac OS,UNIX,LINUX,기타
JAVA,기타