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Study : 1711044752

연구과제 정보

accession,
2014M3C9A3063541
1711044752
멀티 오믹스 분석 알고리즘 및 플랫폼 개발
미래부
서울대학교
김선
2016
2016-11-01 ~ 2017-08-31
김선
sunkim.bioinfo@snu.ac.kr
028807280

등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보

accession,

1. 웹 서비스   2. 전사체 분석

한글명칭 형질전환 벼의 가뭄저항성 특성 분석을 위한 전사 조절 네트워크 분석기법
영문명칭 Transcriptional Network Analysis Reveals Drought Resistance Mechanisms of AP2/ERF Transgenic Rice
프로그램
매뉴얼 pipeline_manual.xlsx
모식도 프로그램 전체 모식도 없음
웹 서비스 주소 http://plantomics.mind.meiji.ac.jp/OryzaExpress/ <br />https://docs.scipy.org/doc/scipy-0.14.0/reference/generated/scipy.stats.pearsonr.html <br />https://igraph.org/python/doc/igraph.Graph-class.html#community_multilevel <br />https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.stats.fisher_exact.html
주요 내용 특징 전사 조절 네트워크 기반 형질전환 벼에서 가뭄저항성 특성을 분석하는 분석 기법이다. 먼저 대용량 유전자 발현 데이터로부터 전사인자 조절 관계를 예측하여, 전사인자 조절 네트워크를 만든 후에, 사용자의 유전자 발현 데이터에서 유의한 조절 관계를 보이는 엣지를 선택한다. 이후 유전자 클러스터링을 수행하여 유전자 모듈을 검출하고, 유전자 모듈에 대해 발현량 및 기능 분석을 통하여, 형질전환체의 전사체 네트워크 적 기능 차이를 검출한다.
주요 기능 전사 조절 네트워크 기반 형질전환 벼에서 가뭄저항성 특성을 분석하는 분석 기법이다. 먼저 1) 대용량 유전자 발현 데이터로부터 전사인자 조절 관계 예측 및 전사인자 조절 네트워크 구축, 2) 사용자의 유전자 발현 데이터를 통한 가뭄저항 특이적 전사인자 조절 네트워크 구축 3) 유전자 클러스터링을 수행하여 유전자 모듈을 검출 4) 유전자 모듈에 대해 발현량 및 기능 분석을 통하여, 형질전환체의 전사체 네트워크 적 기능 차이를 검출함
사용방법
Windows XP,Windows Vista,Windows 2000,Windows NT,Windows CE,Windows 95,Windows 98,Windows Me,Mac OS,UNIX,LINUX
기타