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Study : 1711044752

연구과제 정보

accession,
2014M3C9A3063541
1711044752
멀티 오믹스 분석 알고리즘 및 플랫폼 개발
미래부
서울대학교
김선
2016
2016-11-01 ~ 2017-08-31
김선
sunkim.bioinfo@snu.ac.kr
028807280

등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보

accession,

1. 분석 파이프라인   2. 전사체 분석

한글명칭 타임티피
영문명칭 TimeTP
프로그램 TimeTP.zip
매뉴얼 pipeline_manual_TimeTP.xlsx
모식도 프로그램 전체 모식도 없음
웹 서비스 주소
주요 내용 특징 본 프로그램은 생물 실험을 기반으로 기존 데이터베이스에 축적된 조절자-유전자 정보 및 패스웨이 정보를 이용하여 시계열 마이크로어레이 혹은 RNA 시퀀싱 데이터를 분석한다. 상호상관관계(cross-correlation) 및 영향력 최대화(influence maximization) 기법을 사용하여 유의한 서브패스웨이 및 조절 전사인자를 추정한다.
주요 기능 마이크로어레이 혹은 RNA 시퀀싱 데이터를 입력으로 하여 다음 두 가지 단계로 시계열 분석을 수행한다. 1. 생물학적 패스웨이 가운데 유전자 발현 전달이 일어난 서브패스웨이를 선정하고, 통계 분석을 통해 선정된 서브패스웨이 별 P값을 추정한다. 2. 유의한 서브패스웨이를 시계열 네트워크에 대응시킨 뒤, 네트워크 상에서 해당 서브패스웨이를 조절하는 전사인자를 선정 및 랭킹한다. 시계열 분석 수행 후 선정된 전사인자-패스웨이 경로를 웹페이지 형태로 시각화하여 제공한다.
사용방법
Mac OS,LINUX
기타