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Study : 1711044752

연구과제 정보

accession,
2014M3C9A3063541
1711044752
멀티 오믹스 분석 알고리즘 및 플랫폼 개발
미래부
서울대학교
김선
2016
2016-11-01 ~ 2017-08-31
김선
sunkim.bioinfo@snu.ac.kr
028807280

등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보

accession,

1. 분석 파이프라인   2. 대용량 유전체 분석

한글명칭 시계열 알엔에이 시퀀싱 분석 패키지
영문명칭 TRAP
프로그램 TRAP.zip
매뉴얼 pipeline_manual_TRAP.xlsx
모식도 프로그램 전체 모식도 없음
웹 서비스 주소
주요 내용 특징 TRAP(Time-series RNA-seq Analysis Package)은 시계열 RNA-seq 데이터 분석 패키지로, 데이터로부터 유전자 발현량을 추정한 뒤 이를 이용하여 두 가지 분석을 수행한다. 1) pathway 분석의 경우, pathway 내에서 유전자 상호작용이 순차적으로 진행되었는지의 여부 및 과발현된 유전자의 비율을 고려하여 통계적 테스트를 수행하고 p-value를 추정, pathway 랭킹을 제공한다. 분석 결과는 각 시간대별 비교 결과와 전체 시계열 데이터의 분석 결과로 나누어 제공된다. 이를 통해 여러 pathway 중 시간에 따른 신호 전달이 이루어진 pathway를 선정할 수 있다. 2) 클러스터링 분석의 경우 유전자를 발현 양상에 따라 라벨링하고, 전체 시간대의 라벨링 벡터를 이용하여 클러스터링을 수행한다. 유의성 검정을 통해 유의한 클러스터가 선정되며 클러스터의 기능이 추정된다. 이를 통해 시간에 따른 유전자 발현의 패턴이 유사한 유전자 집합을 찾을 수 있다. TRAP은 여러 변수의 threshold 및 pathway 자체의 정의를 사용자가 규정할 수 있는 유연한 인터페이스를 제공하며, 여러 분야의 RNA 시퀀싱 데이터에 대한 분석 도구로 확장 및 활용이 가능할 것으로 보인다.
주요 기능 Pathway 분석의 경우, pathway 내에서 유전자 상호작용이 순차적으로 진행되었는지의 여부 및 과발현된 유전자의 비율을 고려하여 통계적 테스트를 수행하고 p-value를 추정, pathway 랭킹을 제공한다. 클러스터링 분석의 경우 유전자를 발현 양상에 따라 라벨링하고, 전체 시간대의 라벨링 벡터를 이용하여 클러스터링을 수행한다. 유의성 검정을 통해 유의한 클러스터가 선정되며 클러스터의 기능이 추정된다.
사용방법
Mac OS,LINUX
기타