Study : 1711103397
연구과제 정보
| 2014M3C9A3068822 | |
| 1711103397 | |
| 유전체 정보 개방형 분석 서비스 환경 구축 - 메타게놈 데이터 | |
| 과학기술정보통신부 | |
| 연세대학교 | |
| 김지현 | |
| 2020 | |
| 2020-02-01 ~ 2020-12-31 | |
| 이승원 | |
| 01025605917 |
등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보
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1. 분석 파이프라인 2. 대용량 유전체 분석 |
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| 한글명칭 | 특정 기능 유전자 예측 파이프라인 | |
| 영문명칭 | ||
| 프로그램 | pipeline.zip | |
| 매뉴얼 | 3.pipeline요약_202007.hwp | |
| 모식도 |
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| 웹 서비스 | 주소 | http:// |
| 주요 내용 | 특징 | 파이프라인 사용분야 : Sequence analysis and prediction 분야 파이프라인 모식도 설명 : 미리 설치할 필요그램은 BLAST+이며, 환경변수로 설정되어 makeblastdb / blastn / blastp 명령어로 바로 실행이 가능해야 한다. 기본적으로 사용자가 선택적으로 복잡한 분석 파이프라인을 수행하게 되어 있다. 대부분 단백질 서열을 이용하여 실행되며, phage의 경우 단백질 서열뿐만 아니라 DNA로 이루어진 서열을 이용할 수 있다. |
| 주요 기능 | 사용자가 원하는 모드를 선택하여 단백질 혹은 DNA 유전자 서열을 이용하여 pathogenic island인지 항생제 내성 유전자인지 phage 유전자인지 판별해주는 파이프 라인 | |
| 사용방법 | 미리 설치할 필요그램은 BLAST+이며, 환경변수로 설정되어 makeblastdb / blastn / blastp 명령어로 바로 실행이 가능해야 한다. 기본적으로 사용자가 선택적으로 복잡한 분석 파이프라인을 수행하게 되어 있다. 대부분 단백질 서열을 이용하여 실행되며, phage의 경우 단백질 서열뿐만 아니라 DNA로 이루어진 서열을 이용할 수 있다. BLAST+ 필수적으로 설치해야 하며 계정 설치일 경우엔 특정 폴더명 없이 blastn / blastp / makeblastdb 등의 명령어로 작동하도록 변경해야 함. | |
| LINUX | ||
| 기타 | ||
| BLAST+ | ||