유전체 정보 연계 시스템 Genome InfraNet

분석 프로그램 검색

Study : 1711103397

연구과제 정보

accession,
2014M3C9A3068822
1711103397
유전체 정보 개방형 분석 서비스 환경 구축 - 메타게놈 데이터
과학기술정보통신부
연세대학교
김지현
2020
2020-02-01 ~ 2020-12-31
이승원
01025605917

등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보

accession,

1. 분석 파이프라인   2. 대용량 유전체 분석

한글명칭 특정 기능 유전자 예측 파이프라인
영문명칭
프로그램 pipeline.zip
매뉴얼 3.pipeline요약_202007.hwp
모식도 프로그램 전체 모식도 없음
웹 서비스 주소 http://
주요 내용 특징 파이프라인 사용분야 : Sequence analysis and prediction 분야 파이프라인 모식도 설명 : 미리 설치할 필요그램은 BLAST+이며, 환경변수로 설정되어 makeblastdb / blastn / blastp 명령어로 바로 실행이 가능해야 한다. 기본적으로 사용자가 선택적으로 복잡한 분석 파이프라인을 수행하게 되어 있다. 대부분 단백질 서열을 이용하여 실행되며, phage의 경우 단백질 서열뿐만 아니라 DNA로 이루어진 서열을 이용할 수 있다.
주요 기능 사용자가 원하는 모드를 선택하여 단백질 혹은 DNA 유전자 서열을 이용하여 pathogenic island인지 항생제 내성 유전자인지 phage 유전자인지 판별해주는 파이프 라인
사용방법 미리 설치할 필요그램은 BLAST+이며, 환경변수로 설정되어 makeblastdb / blastn / blastp 명령어로 바로 실행이 가능해야 한다. 기본적으로 사용자가 선택적으로 복잡한 분석 파이프라인을 수행하게 되어 있다. 대부분 단백질 서열을 이용하여 실행되며, phage의 경우 단백질 서열뿐만 아니라 DNA로 이루어진 서열을 이용할 수 있다. BLAST+ 필수적으로 설치해야 하며 계정 설치일 경우엔 특정 폴더명 없이 blastn / blastp / makeblastdb 등의 명령어로 작동하도록 변경해야 함.
LINUX
기타
BLAST+