유전체 정보 연계 시스템 Genome InfraNet

분석 프로그램 검색

Study : 1711103397

연구과제 정보

accession,
2014M3C9A3068822
1711103397
유전체 정보 개방형 분석 서비스 환경 구축 - 메타게놈 데이터
과학기술정보통신부
연세대학교
김지현
2020
2020-02-01 ~ 2020-12-31
이승원
01025605917

등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보

accession,

1. 분석 파이프라인   2. 대용량 유전체 분석

한글명칭 Meta-transcriptome Pipeline (with SAMSA2)
영문명칭 Meta-transcriptome Pipeline (with SAMSA2)
프로그램
매뉴얼 02.meta-transcriptome analsysis_요약.hwp
모식도 프로그램 전체 모식도 없음
웹 서비스 주소 https://hub.docker.com/repository/docker/lsworld/samsa2
주요 내용 특징 파이프라인사용분야 : Meta-transcriptome Sequencing 분야 파이프라인 모식도 설명 : FASTQ 파일들을 머지(MERGE)하여 낮은 질의 리드를 제거한 후 rRNA 유래 불필요한 리드들의 정리한 후 BLASTX에 의한 주석을 작성한다. BLASTX에 의해 검색된 정보들을 토대로 differentially expressed genes(DEG)을 확인한다.
주요 기능 Meta-transcriptome 분석과 differential expression 분석
사용방법 sudo docker run -v `pwd`:/userData lsworld/samsa2:4.0 /samsa2/first-master-script.bash 입력 파일들은 FASTQ 포맷의 paired-end이여야 한다. 현재 디렉토리에 입력 파일이 위치해야 한다. 입력파일의 네이밍은 prefix "control_*-R1.*", “control_*_R2.*, "experimental_*_R1*”, “experimental_*R2.*"과 같이 명명해야 한다. 앞과 같이 준비가 완료되면 다음의 도커 명령을 내리면 분석이 진행된다.
Windows 2000,Windows NT,Mac OS,UNIX,LINUX
JAVA,기타
docker