유전체 정보 연계 시스템 Genome InfraNet

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Study : 1711093468

연구과제 정보

accession,
2014M3C9A3068822
1711093468
유전체 정보 개방형 분석 서비스 환경 구축 - 메타게놈 데이터
과학기술정보통신부
연세대학교
김지현
2019
2019-04-01 ~ 2020-01-31
이승원
01025605917

등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보

accession,

1. 분석 파이프라인   2. 대용량 유전체 분석

한글명칭 16S analysis pipeline (with Mothur, R, and MothurR)
영문명칭
프로그램 16Sanalysis.zip
매뉴얼 1_command_line_2020.docx
모식도 프로그램 전체 모식도 없음
웹 서비스 주소 https://github.com/mothur/mothur/releases/download/v.1.42.3/Mothur.linux_64.zip
주요 내용 특징 Mothur로 16S amplicon 조성을 분석하고 R로 시각화와 통계분석을 진행하며 MothurR로 자동화한 파이프 라인
주요 기능 Mothur로 16S amplicon 조성을 분석하고 R로 시각화와 통계분석을 진행하며 MothurR로 자동화한 파이프 라인
사용방법 기본 프로그램은 Mothur, R, MothurR 총 3개의 프로그램으로 구성된다. 기본적으로 사용자가 선택적으로 복잡한 분석 파이프라인을 수행하게 되어 있다. 하지만 기본적으로 분석 단계를 2단계로 나눠보자면 미생물 군집 분석 단계와 시각화/통계분석 단계로 나뉜다, 첫 번째 미생물 군집 분석 단계에서는 align에서 rarefaction, diversity까지 수행하며 classify를 포함한다. 그리고 시각화/통계분석 단계는 line graph, bar graph, Shannon, PCA, 통계분석을 포함한 나머지이다. Line graph를 그리는 파일을 사용자가 선택할 수 있게 하며, 통계분석과 PCA분석도 군집분석이 끝난 결과 파일 다수를 사용자가 선택하여 실행시킬 수 있게 구축되어야 한다.
LINUX
PERL,C