유전체 정보 연계 시스템 Genome InfraNet

분석 프로그램 검색

Study : 1711093468

연구과제 정보

accession,
2014M3C9A3068822
1711093468
유전체 정보 개방형 분석 서비스 환경 구축 - 메타게놈 데이터
과학기술정보통신부
연세대학교
김지현
2019
2019-04-01 ~ 2020-01-31
이승원
01025605917

등록 프로그램 / 파이프라인 / 웹 서비스 정보

accession,

1. 분석 파이프라인   2. 대용량 유전체 분석

한글명칭 다양한 Classification 알고리즘을 포함한 메타유전체 분석 파이프라인
영문명칭
프로그램 metameta.wdl.tar.gz
매뉴얼 메타메타 매뉴얼.hwp
모식도 프로그램 전체 모식도 없음
웹 서비스 주소 https://seqgenesis-my.sharepoint.com/:u:/p/sg_service1/EQaOTW0cT3VKkLqNgKSn21EBTOzc1EdbNZkuTSQmLZ-MUw
주요 내용 특징 이 메타분석 파이프라인은 다양한 알고리즘을 적용하고 분석결과들을 통합한 후 동일한 형식의 파일로 비교함으로서 더 신뢰할 수 있는 결과 제공한다. 사용한 classification 알고리즘들은 CLARK, GOTTCHA, Kraken, Kaiju, mOTUs 들이다. 시스템 자원만 충분하다면 모든 알고리즘을 한번에 병렬처리 할 수 있고 분석된 결과들은 통합한 프로파일을 제공한다. 이 파이프라인은 도커이미지를 사용함으로 사용자 실행환경을 설치 및 내부 사용하는 프로그램들을 수정없이 사용할 수 있다. 또한 워크플로우 언어인 WDL을 사용하므로 손쉬운 파이프라인 변경할 수 있다.
주요 기능 메타유전체 분석에 사용하는 5가지의 classification 알고리즘을 일부 혹은 모두 동시에 실행할 수 있다. 사용 가능한 알고리즘들은 CLARK, GOTTCHA, Kraken, Kaiju, mOTUs이 있다. 분석한 알고리즘들의 결과는 통합할 수 있다.
사용방법 자세한 설치 및 사용 정보는 메뉴얼을 참조. 1. 도커 이미지 다운로드 (메뉴얼 참조) 2. 도커 실행 sudo docker run -it -v "$(pwd):/DIR" --name CONTAINER IMAGE:VERSION /bin/bash 3. WDL 실행 java -jar /opt/wdl/cromwell-47.jar run /opt/wdl/metameta.wdl –i /opt/wdl/metameta.json 4. 프로파일 통합 /opt/wdl/merge_final_profiles.sh /app/SAMPLE_*/metametamerge/CUSTOM/final.metametamerge.profile.out
Windows 2000,Windows NT,Mac OS,LINUX
JAVA,기타